Como os outros aminoglicosídeos é usado normalmente em combinação, para o tratamento de infecções sistêmicas severas devido a microorganismos sensíveis, gram-negativos e outros. Isto inclui infecções do trato biliar, brucelose, cistite fibrosa, endocardites, (estreptocócicas, enterocócicas e estafilocócicas), endometrites, gastrenterites, listerioses, meningites, otites externas e médias, peritonites, pneumonia, septicemia, desordens da pele, tais como: queimaduras e úlceras, infecções do trato urinário, assim como profilaxia de infecções cirúrgicas e no tratamento de pacientes com comprometimento imunológico e os que já estão em cuidados intensivos.
Amicacina é freqüentemente usada concomitantemente com outros agentes para estender seu espectro de ação ou aumentar sua eficácia. Assim, é usado com penicilina para infecções entero e estreptococais ou um -lactâmico antipseudomonial para infecções respectivas, ou Metronidazol ou Clindamicina para infecções mistas aeróbica-anaeróbica. Amicacina é também usado com agentes antimicobacterianos no tratamento de infecções típicas micobacterianas.

Ototoxicidade irreversível (efeito maior que gentamicina) e nefrotoxicidade, se não grave, reversível, são os principais efeitos adversos no uso prolongado ou repetido e concentrações altas, por isso é recomendado o monitoramento de concentrações plasmáticas e controle das funções renais.
Os aminoglicosídeos, agindo também bloqueando a ação neuromuscular, podem provocar depressão respiratória e paralisia muscular. Podem ocorrer reações de hipersensibilidade. Efeitos não freqüentes como discrasias sangüíneas, púrpuras, náuseas e vômito, estomatites, sinais de disfunção hepática e aumento da concentração sérica de bilirrubina, são citados.