As reações adversas de Xenical® são, em sua maioria, de natureza gastrointestinal e relacionados ao efeito farmacológico da droga ao evitar a absorção da gordura ingerida (vide Farmcocinética). As reações comumente observadas são evacuações oleosas,
flatulência com evacuação, urgência fecal, evacuações gordurosas, incremento das evacuações e incontinência fecal.
A incidência dos mesmos aumenta na medida em que for incrementado o teor de gordura da dieta e, portanto, das fezes. Os pacientes devem ser informados sobre a possibilidade de ocorrerem efeitos gastrointestinais e qual é a melhor maneira de tratar os mesmos, reforçando a dieta, particularmente do teor de gordura. A ingestão de uma dieta com baixo teor de gordura diminuirá a incidência de reações gastrointestinais adversas, ajudando, desta forma, o paciente a monitorar e regular sua ingestão de gordura.
Em estudos clínicos, os efeitos farmcológicos não foram considerados um impedimento para a continuação da terapia. Geralmente, estas reações adversas são leves e transitórias. Os eventos gastrointestinais ocorreram no início do tratamento (dentro dos 3 primeiros meses) e a maioria dos pacientes experimentou apenas um episódio. Apenas 3% dos pacientes experimentaram mais que dois episódios de qualquer um dos efeitos adversos.