Devido à suas características de hidrossolubilidade, meia-vida longa e baixa afinidade às proteínas plasmáticas, o Fluconazol está indicado tanto o tratamento das micoses superficiais quanto nas profundas. Entre elas temos: Criptococose: nas formas meníngea, pulmonar e cutânea, como terapêutico e profilático em pacientes hígidos e imunossuprimidos. Candidíases: vaginais, da orofaringe em
pacientes imunossuprimidos e hígidos. Micoses superficiais da pele e anexos: Onicomicoses; Tinha do pé, da região crural, do corpo; Pitiríase versicolor. Prevenção de infecções fúngicas em pacientes com doenças malignas e que estão predispostos a tais infecções devido a quimioterapia citotóxica ou radioterapia.

O Fluconazol é muito bem tolerado, em doses de 150 mg. Poucos efeitos são observados, sendo os mais comuns de natureza gástrica, entre eles: náuseas (3,7 %), desconforto abdominal (1,7 %), vômitos (1,7 %), diarréia (1,5 %), cefaléias e quadros urticariformes. Pode também ocorrer aumento de enzimas hepáticas em até 5% dos pacientes, porém, os quadros de hepatites são muito raros. Os quadros urticariformes acompanhados de "rush", estão presentes em 1,9 % dos casos, em pacientes imunossuprimidos estes quadros podem ser mais freqüentes e intensos, portanto, nos casos mais graves aconselha-se a interrupção do tratamento.